O que começou como um simples incidente de família assumiu as proporções de um gravíssimo caso político de alta importância. O rei Afonso IV decidiu então que a melhor solução seria matar Inês para livrar o filho de tais amores. Depois de alguns anos ao Norte, Pedro e Inês tinham regressado a Coimbra e se instalado no Paço de Santa Clara, mandado construir pela avó de Pedro, a Rainha Santa, que nele viveu os últimos tempos da sua vida e que tinha desejado que fosse habitação exclusiva de Reis e Príncipes descendentes dela com as suas esposas legítimas.
Corre o boato de que o Príncipe tinha casado secretamente com Inês. Na tentativa de saber da verdade da história o Rei manda dois conselheiros seus dizerem que Pedro podia se casar livremente com Inês se assim entendesse correcto. Pedro, inteligente e audaz, percebeu que tal generosidade só podia tratar-se de uma cilada e respondeu que não pensava casar-se com Inês. A intriga fervilhava cada vez mais acesa em torno do Rei.
A 7 de Janeiro de 1355, o rei cedeu às pressões dos seus conselheiros e do povo e, aproveitando a ausência de Pedro numa excursão de caça, enviou Pêro Coelho, Álvaro Gonçalves e Diogo Lopes Pacheco para a matarem. Os três se dirigiram ao Mosteiro de Santa Clara em Coimbra, onde Inês se encontrava, e mataram-na tal como uma nobre deve morrer. Com a espada fina. Segundo a lenda, as filhas do Mondego choraram a morte de Inês e as suas lágrimas tornaram-se na fonte dos Amores da Quinta das Lágrimas e algumas algas avermelhadas que ali crescem são o sangue derramado por Inês.
A morte de Inês fez com que Pedro se revoltasse contra Afonso IV, que responsabilizou pela morte, e provocou uma sangrenta guerra civil entre irmãos. A rainha Beatriz interveio e, após meses de luta, a paz foi selada em Agosto de 1355.
